Целью программы ординатуры является подготовка высококвалифицированного специалиста в выбранной области медицины для работы в различных структурах здравоохранения. На базе НМИЦО ФМБА России в настоящее время проходят обучение 37 ординаторов под началом ведущих специалистов Центра. В связи с многопрофильностью специальности «оториноларингология», клинические ординаторы путем ротации получают знания и навыки работы в различных отделениях Центра и активно погружаются в атмосферу Центра с первых дней нахождения в НМИЦО ФМБА России.
Будущие ЛОР специалисты не только посещают лекции, семинары, практические занятия, проходят аттестацию, но и обучаются ведению историй болезни, участвуют в клинических осмотрах пациентов, проводят обходы больных в закрепленных за ним палатах, помогают специалистам центра проводить необходимые диагностические исследования и процедуры. Наблюдая высокий уровень подготовки специалистов НМИЦО ФМБА России в области высокотехнологичной хирургической медицинской помощи и качество оказания медицинской помощи, многие ординаторы планируют связать свою будущую деятельность с хирургией ЛОР органов.